התפרנס כסופר סת"ם, ומכאן שם משפחתו "סופר". בשנת התרס"ד (1904) עלה לארץ ישראל והצטרף אל המקובלים בבית המדרש "בית אל" שבעיר העתיקה. רבים שיחרו לפתחו בבקשות לתפילה וישועה. מימיו לא שח שיחה בטלה בבית הכנסת ובעת הסעודה. הקים עם חבריו את בית- הכנסת "שושנים לדוד" בשכונת הבוכרים בירושלים. ענוותן מופלג. כאשר ביקשו למנותו כרבה של דמשק סירב. למד בישיבת המקובלים "רחובות הנהר". העיד עליו הגאון ר' יהודה צדקה, כי מדי שבת הייתה צורת הגאון משתנה לבלתי הכר ממש. נפטר ביום שבת קודש ט' סיוון התרצ"ט (1939). חי כ-69 שנים. ציונו בחלקת החסידים לעדת הבבלים שבהר הזיתים.

הגאון הרב יעקב חיים סופר הכף החיים, צילום: פניני עין חמד
הגאון הרב יעקב חיים סופר הכף החיים, צילום: פניני עין חמד

אביו: ר' יצחק ברוך ממשפחת מוסא. אמו: הרבנית אסתר. אשתו: הרבנית פרחה. בנו: ר' משה. בתו: מרת רג'ינה. מרבותיו: אביו, ר' יצחק ברוך, ר' אלישע דנגור. חברותא: ר' חיים שאול הכהן דוויק. מספריו: •כף החיים – על אורח חיים ויורה דעה ( 10 חלקים, עסק בחיבור זה קרוב לארבעים שנים!) • חוקי חיים – דרשות • באר מים חיים – שו"ת • חיים עד העולם- דרשות • יגל יעקב – דרשות על פרשות השבוע • קול יעקב – הלכות סת"ם • ישמח ישראל – דרשות •בית יעקב- דרשות •עדות ביעקב – דרשות לשבתות •חפץ בחיים – דרשות לאירועים •קונטרס החלומות – דברים שהתגלו בחלום (כ 700 חזיונות שגילו לו מן השמים). משמים הסכימו על חיבורו הקדוש 'כף החיים'. וכך מספר ר' יעקב חיים סופר ב'קונטרס החלומות : "פעם אחת ראיתי למורי ורבי אבי זצ"ל, ואמרתי לו: 'מה אומרים למעלה על ספרי הקטן 'כף החיים'?' ואמר לי ששמחים עליו. ואמרתי לו: 'תבקש רחמים עליי מלפני אלקי השמים, שיסייעני לחבר על כל 'אורח חיים'.' ואכן כך היה. עוד הוסיף רבינו שם: "ליל שבת ז"ך אב התרע"ו ראיתי למר אבי וכו'  אחר שהיה לו י"ז ימים משנפטר. ושאלתי אותו: 'מה אומרים באותו עולם על ספר 'כף החיים? ' וענה ואמר לי בזה הלשון: 'ספר 'כף החיים' חכמים ורבנים גדולים לומדים בו'. עוד מובא שם: "כשסיימתי עם ספר 'כף החיים' חלק שני ראיתי, שחתמו עליו בית דין, וגם רבינו המקובל הגאון רשכבה"ג הרב יוסף חיים זצוק"ל (הגאון בעל ה'בן איש חי', רבה של בגדד) השגחת ה ' יתברך החופפת על יראיו ליוותה את רבינו לבל יינזק, חלילה, בשום אופן. בשנת ה'תרפ"ז, י"א לחודש תמוז, עסק רבינו בתורה, כדרכו, בעליית עזרת נשים של בית הכנסת "שושנים לדוד" וכתב את חיבורו, והנה לפתע החלה רעידת אדמה חזקה מאוד בא"י. כתוצאה מכך , התמוטטו בתים רבים, אך, בחסדי ה' ליהודים לא הייתה שום אבדה בנפש, בעוד אצל הערבים מתו רבים, והיה בכך קידוש ה'.

הגאון הרב יעקב חיים סופר הכף החיים, צילום: ויקיפדיה
הגאון הרב יעקב חיים סופר הכף החיים, צילום: ויקיפדיה

רבי יעקב, כאמור, היה עוסק בתורה בעליית בית הכנסת. בעקבות הרעש התמוטט כל הקיר הפונה לרחוב  וכן המדרגות המובילות אל "שושנים לדוד". אך הצד שבו ישב ולמד רבי יעקב לא התמוטט כלל, וכן הילדים שהיו למטה בחדרי תלמוד התורה לא ניזוקו כלל. מיד הגיעו אנשים והעלו סולם אל העליה, ואט אט הורידוהו לרבי יעקב חיים כשהוא בריא ושלם לחלוטין – ויהי לפלא. רבי יעקב כתב זאת בספרו 'כף החיים':' "בירושלים עיה"ק ת"ו אין גוזרין תענית ציבור על הרעש ומפולת, כי לא הזיקה מפולת בירושלים!". יש מן החלומות שהוכיחו את רבינו מן השמים ושיבצם בחיבורו "כף החיים " בעילום שם. לדוגמא, בהלכות תפילת המנחה (סימן רלב, ס"ק ו) כותב ב"כף החיים " בזה הלשון: "ותחילה יאמר למנצח על הגתית וכו', ופרשת התמיד ופיטום הקטורת וכו', אשרי יושבי ביתך וכו', כפי שכתוב בסידורים וכו', ואל ישנה מזה הסדר, ואפילו אם היה הזמן דחוק, כי מעשה באחד ירא שמים שהיה פעם אחת הזמן דחוק ולא אמר למנצח ופרשת התמיד, רק התחיל לומר לשם ייחוד וכו' והתפלל שמונה עשרה, ובאותו הלילה הוכיחו אותו בחלום לאמר: מדוע העולם מתפללים תפילה שלמה ואתה חסרה? ועל כן , כל אדם – יש להיזהר בזה". .ל"עכ רבינו לא מציין , מי הוא אותו איש "ירא שמים" שהוכיחוהו בחלום. אולם, לאחר שנים רבות מצאו בני משפחתו מעשה זה ב"קונטרס החלומות" שלו, כי בו היה המעשה. וכן בהלכות תפילה (סימן צא, ס"ק מה) כתב ב"כף החיים" : "מעשה באחד שהיה נוהג לתת שלוש פרוטות קודם התפילה לצדקה וגם ב'ויברך דוד', ופעם אחת חיסר, והוכיחו אותו בחלום על זה." וגם במעשה זה שהעלים שם האיש, מוזכר ב"קונטרס החלומות" שלו , כי בו היה המעשה, והעלים שמו, לרוב צניעותו . הוסיף על זה נינו הגאון רבי יעקב חיים סופר שליט"א (בהקדמת הספר "ישמח ישראל") אחר שהביא מעשיות אלה, וזה לשונו: "וראה ובחן לשונו הטהורה , שהגדיר עצמו "ירא שמים". וגם לפי דרכנו למדנו, כי "עוונות " גדולים , ממה שחיסר לומר פיטום הקטורת בתפילת מנחה או שרק נתן פרוטה אחת לצדקה ב"ויברך דוד " לא היו לו לזקננו הסבא קדישא זצוק"ל", שהיו צריכים מן השמים לבוא ולהוכיחו. והבן היטב , כי יש הרבה להבין". עכ"ל והדברים מבהילים. רבינו היה יוצא מבית הכנסת בתחילת אמירת "עלינו לשבח" ולא היה ממתין  עד שהחזן יסיים, כל זה מחשש  שמא יגש אליו אחד המתפללים וידבר עימו ויצטרך לענות לו, ושמא חלילה וחס ייגרר לדבר בבית הכנסת דברים שאסור לדבר שם, וח"ו יגרום לעיכוב הגאולה ולצער השכינה. כל כך היה נזהר בכבוד בית הכנסת.