מכון מגלי"ם הוא מרכז למידה וחקר רב תחומי המרחיב ומעמיק את הידע אודות ירושלים הקדומה ומנגיש אותו לקהל הרחב. מחקרי המכון ופרסומיו הם מקור מרכזי להבנת תהליכים היסטוריים, גיאוגרפיים ותרבותיים שהתרחשו בירושלים לאורך הדורות.

כנס מחקרי עיר דוד הוא הכנס הארכאולוגי הגדול בישראל והוא משמש במה פתוחה להצגת הממצאים החדשים ביותר מעיר דוד לציבור הרחב. בקורסים ובסיורים הייחודיים שמקיים מכון מגלי"ם נפגשים הלומדים עם מיטב המרצים והחוקרים, ורואים מקרוב את הממצא העדכני ביותר באתרי החפירה יחד עם החופרים עצמם.

מכון מגלי"ם מקיים שיתופי פעולה עם אוניברסיטאות ומוסדות אקדמיים בארץ ובעולם מתוך מגמה לקדם ולעודד את החקר והידע סביב ירושלים הקדומה. בשיתוף פעולה עם האוניברסיטאות בארץ מתקיימים קורסים המשלבים מחקרים עדכניים, ביקורים בשטח ומפגש עם החופרים וכן קורסים מקוונים הכוללים ראיונות אישיים עם חופרים וביקורים וירטואליים באתרי החפירה.