במאות ה-13 וה-12 לפסה"נ (תקופת השלטון היבוסי לערך), נבנה בצמוד למדרון המזרחי של הגבעה מבנה אבן מדורג אדיר ממדים. המבנה שימש קיר תמך למצודת העיר שהתנשאה ממעל, והיא ככל הנראה "מצודת ציון" שכבש דוד. רק חלקים ממבנה האבן שרדו כיום
לקראת חגיגות 'שלושת אלפים שנה לירושלים' שתוכננו לשנת 1996. רוני רייך מאוניברסיטת חיפה ואלי שוקרון מרשות העתיקות התחילו לעבוד בקרבת מעיין הגיחון. חפירה זו שינתה את הידוע על העיר ירושלים בתקופות העתיקות.
